Vondelfontein (Vondelpark 1873 gesloopt 1949. In 2009 is een reproductie teruggeplaatst)
Rijksmuseum (1876). Het Rijksmuseum bestaat uit een hoofdgebouw en diverse bijgebouwen en is een combinatie van meerdere stijlen: Renaissance (om uitdrukking te geven aan de tijd waaruit de meerderheid van de te exposeren kunstwerken afkomstig is), Romaanse stijl en uiteraard gotische en neogotische stijl. Tijdens de renovatie van het gebouw (2003-2013) is de verhullende pleisterlaag van het interieur verwijderd.
Het gebouw wordt veelal vanuit protestantse hoek "de kathedraal" genoemd.
Centraal Station (1881). Het gigantische gebouw van ruim 300 meter lengte moet als de nieuwe grote en grootse stadspoort van Amsterdam gelden. De keuze voor Cuypers als architect en bouwmeester is daarom niet verrassend.
H.H. Nicolaas en Barbara (De Liefde 1884 gesloopt 1990). Een drie-beukige neogotische kerk. In verband met teruglopend kerkbezoek gesloten en vervangen door een kleine kapel.
Sint-Dominicuskerk (1884). Een drie-beukige kruisvormige baseliek, waarbij Cuypers in het ontwerp stevig heeft moeten woekeren met de zeer beperkt beschikbare ruimte. Cuypers laat zich in het ontwerp leiden door de Italiaanse gotiek. De toren is nooit afgebouwd, omdat de bouwvergunning hiervoor werd geweigerd.
Maria Magdalenakerk (1889 gesloopt 1968). Een drie-beukige kruisvormige baseliek met een toren op de kruising. In verband met teruglopend kerkbezoek gesloten en vervangen door een kleine kapel.
Vondelstraat woonhuizen op nr.3-7 (Vondelhoven) afgebroken voor Marriot-hotel, nr.36-40, nr.41 (Bierhuis Vondel, voor bierbrouwer Heineken), nr.75 (Nieuw Leyerhoven) en nr.77-79 (tot 1894 zijn eigen woonhuis).
Familie.
Opleiding en hulp.
Het is natuurlijk onmogelijk voor een architect met zoveel opdrachten als Pierre Cuypers om alles zelf te volgen en begeleiden.
Zodoende heeft hij vele beginnende en gevorderde architecten in dienst die op de bouwplaatsen aanwezig zijn en daar de vragen oplossen.
Veel van deze architecten beginnen vroeger of later voor zichzelf en velen doen dit in het zuiden of oosten van het land.
Architecten die regelmatig of incidenteel wat in Amsterdam bouwen zijn:
K.P.C.de Bazel (o.a. huidige gebouw De Bazel in de Vijzelstraat),
A.C.Bleijs (o.a. Sint-Nicolaaskerk, Prins Hendrikkade),
Evert Margry (o.a. Sint-Bonifatiuskerk 1984 gesloopt, Kastanjeplein),
C.H.Peters (o.a. voormalig Hoofdpostkantoor nu Magna Plaza, Nieuwezijds Voorburgwal),
Jan Stuyt (o.a. Gerardus Majellakerk, Ambonplein).