De oudste aanwezige voorbeelden zijn Begijnhof 34 (ca.1530) en Zeedijk 1 (ca.1560). Het zijn geheel houten huizen, maar van het latere type: ze zijn hoger en hebben stenen zijmuren.
Risico’s: Onbeheersbare branden waarbij veel houten huizen in de grote stadsbranden van 1421 en 1452 verloren zijn gegaan.
Maatregelen: Een keur, welke direct na de brand van 1452 werd afgekondigd, bepaalt "dat nyemant geen nije huizen moet tymmeren, anders dan mit stenen wanten ende mit harden dake, up een boet van vijftich gouden rijders". Kennelijk wordt de keur niet voldoende nageleefd want nieuwe afkondigingen vinden plaats in 1478, 1483, 1491, 1492, 1494, 1497, 1504, 1507, 1521 en 1524. Waar de eerste keur alleen betrekking heeft op de zijgevels en het dak bij nieuwbouw, wordt in de keur van 1521 vastgelegd dat bestaande zijgevels moeten worden vervangen door stenen zijgevels en in 1524 volgt een uitbreiding met stenen voor- en achtergevels. In 1669 vindt de laatste afkondiging van deze keur plaats, de houten gevel is definitief ten einde.

De oudste huizen zijn vakwerkhuizen (met leem ingesmeerde houten huizen), die in de 15de en 16de eeuw worden verdrongen door houten huizen met puntgevels. Het zijn zogenaamde zaalhuizen. Deze huizen bestaan uit één ruimte met houten wanden en een houten kap. Dit zaalhuis overheerst tot ca. 1550 in Amsterdam.
Het lage houten huis wordt in de loop van de 16de eeuw vervangen door een hoger type met extra verdiepingen.
Onderzoekers bestudeerden de vogelvluchtkaart uit 1544 van Cornelis Anthonisz en stelden vast dat ruim 64% van de huizen slechts één bouwlaag onder de kap heeft. Van deze huizen heeft 59% een houten gevel. In totaal heeft bijna 52% van de huizen een houten gevel.
De kaart van Balthazar Florisz van 1625 laat zien dat de oostzijde van de Herengracht (bebouwd na 1585) voor 34% uit houten huizen bestaat. Voor de westzijde (bebouwd na 1613) is dat nog slechts 9%. Langs de Keizersgracht (bebouwd na 1613) zijn deze aantallen nog kleiner: de oostzijde telt nog 2,5% en de westzijde 3,6% houten huizen.
In het Grachtenboek van Caspar Philips uit ±1767 zijn nog slechts enkele houten huizen langs de grachten terug te vinden.

Kenmerken: Een houten huis heeft een zogenaamd houtskelet bestaande uit jukken van stijlen en balken met korbelen om de stabiliteit te verhogen. In de loop van de 16de eeuw ontstaat het zogenaamde versteende houten huis. Vaak een oorspronkelijk houten huis dat stenen gevels heeft gekregen, vaker stenen huizen die nog een houtskelet hebben.
De traditie van de houtskeletbouw zet zich in Amsterdam tot halverwege de 17de eeuw voort.
Een middeleeuws houtskelet is te herkennen aan de gotische detaillering van de sleutelstukjes waarop de balken rusten, namelijk het zogenaamde peerkraalmotief. Na het gotische houtskelet volgt halverwege de 16de eeuw het renaissance houtskelet, waarin de sleutelstukjes een lijstprofiel hebben.

Voorbeelden van huizen met middeleeuwse houtskeletten zijn: Warmoesstraat 83 (voor 1450), Begijnhof 5 (voor 1500), Warmoesstraat 90 (ca.1485), Warmoesstraat 5 ( ca.1500), Begijnhof 34 (ca.1530), Begijnhof 2-3 (1550-1575), Zeedijk 1 (ca.1560) en Sint Annenstraat 12 (1565).